腸道微生物能夠影響身體狀況、腰圍粗細；但是我們的心智、心情和行為，這些使我們能成為自己的事物，是全然不可侵犯的人類絕對領域嗎？嗯，可能不是。
這聽起來很瘋狂，但是有愈來愈多證據指出，我們體內微生物發出的合唱，會影響我們的人格與感覺。微生物雖然在腸道中安居，但是它們不只會影響食物的消化、藥物的吸收及激素的製造，它們也會和身體的免疫系統互動，進而影響到腦部。這些微生物和腦之間相互影響的各種方式，總稱為「微生物群系腸─腦軸」（microbiomegut-brain axis）。了解這條軸線，或許能讓我們更深入了解精神疾病與人類的神經系統。
前不久，科學家發現顫桿菌克能製造一種化學物質，效果就如同天然的鎮定劑，能平息神經的活動，並且導致憂鬱症。早先我們就知道，土壤中如牝牛分枝桿菌的微生物，能調和人類的免疫系統，因此有些研究人員認為，這類細菌有可能拿來製成疫苗，以對抗壓力和憂鬱症。英國倫敦大學學院的路克指出，在人類的歷史中，人類一直都接觸到土壤微生物，而現在我們與微生物這些「老朋友」隔離開來了，這可以解釋為何和發炎相關的糖尿病、關節炎，甚至是憂鬱症等疾病快速增加。
有些研究指出，罹患泛自閉症障礙和一般精神狀況正常的孩子（通常是兄弟姊妹），兩者的腸道微生物群系會有差異。美國加州理工學院教授瑪茲曼尼恩打造出一種以微生物群系為基礎的療法，可治療小鼠類似自閉症的症狀。
自閉症和腸道微生物群系
現在你可能會想，到哪裡去找有自閉症的小鼠，其實是瑪茲曼尼恩自己培育的。他把雙股ＲＮＡ（核糖核酸）注射到懷孕的雌小鼠體內。對於雌鼠的免疫系統來說，這些ＲＮＡ看起來像是病毒，因此免疫系統會過度反應，並產生大量細胞激素，造成許多正常的微生物相繼被殺死。這些雌鼠生下的小鼠，免疫系統和微生物群系的狀況都不同於正常的小鼠。而且這些小鼠都出現一組類似人類自閉症的症狀，牠們有認知缺陷與社交缺陷，比較喜歡獨處，勝於和其他的小鼠在一起。這些小鼠也出現重複的行為，會著魔似地一直埋彈珠，且牠們也有消化道問題。
瑪茲曼尼恩發現這些症狀是由一種稱為4-EPS的分子所造成的，受到改變的微生物群系會製造過量的4-EPS。把4-EPS注射到正常的小鼠體內，會讓這些小鼠出現類似自閉症的症狀。如果給這些小鼠「脆弱類桿菌」這種益生菌，可以減緩一些症狀，包括腸道問題和認知缺陷。
不過，同一種細菌對某種生物是有益的，但可能對另一種生物是致命的。在嚴謹的人體實驗完成之前，要說吞下某種益生菌就能治療自閉症還太早了，而且也不安全。不僅如此，人類身上微小的過客也能影響我們的行為和思考。有的時候，我們的基因決定了哪些細菌可以住在人體中，而那些細菌又轉而影響我們的行為。有研究清楚指出，小鼠如果缺少了ＴＬＲ５這個基因，會暴飲暴食而變胖。失去ＴＬＲ５這個基因的小鼠，體內的微生物會讓小鼠變得很飢餓，小鼠會因此多吃而變胖。
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