兒科專家 Patricia Hibberd 指出，人們對於益生菌的使用、益處以及它們在增進健康和治療疾病方面的角色都存在誤解。希巴德同時是波士頓馬薩諸塞州兒童總醫院的全球健康問題主管，研究兒童和老年人體內的益生菌。
Patricia表示，益生菌的一部分問題出在它們被宣傳的方式。沒有任何含有這些益生菌的營養品或食物被證明能夠預防或治療特定疾病，但廠商卻被允許做出廣義上的健康聲明。例如，食品生產商可以宣稱他們的產品“有助消化”，可這是一種沒有被清晰定義的模糊表達方式。
關於益生菌，還有很多問題有待解答。儘管對這些產品的深入研究前景光明，但結果尚未浮出水面。這些問題包括人們具體需要攝入多大量的益生菌產品才能對人體健康產生可見的有益影響，益生菌在體內究竟如何工作，以及在特定的身體狀況下，何種微生物的何種劑量效果最佳等。
人們並不理解不同生物體之間的細微差別。當病人向醫生尋求建議時，要為病人從所有益生菌中選出合適的，對於醫生來說都是一件很費解的事情。
為了把事實和猜想區分開，下面會講到食物和營養品中關於益生菌的五個誤解。
誤解1：所有的益生菌營養品都基本相同
這是完全錯誤的。理論上，市場上供應的每一種益生菌營養品都與另一種不同。有些益生菌產品中只含有單一菌株，有些則包含幾種。同一菌種中的不同株係也許都是有所不同的，可能對健康有著不同影響。
微生物的濃度在不同產品中變化也很大。因為這些不同的生物可能對身體造成不同的影響，科學家們很難將它們對健康的確切益處以及它們的工作機制一一弄清。
面對數以百計的益生菌種類，研究者尚未將它們全都研究過。“我們需要了解某些益生菌所具有的那些有助於預防或治療疾病的重要特徵。” 希巴德說。
誤解2：益生菌可以取代藥物治療
儘管一些人可能更偏愛自然療法，但研究益生菌是為了配合藥物治療，而非用其取代藥物治療的。
我絕不會提倡停止藥物治療而換成使用益生菌。相反，人們應該把益生菌作為他們已有的治療程序的輔助，或者將其用作預防手段，這樣將來他們也許不至於走到藥物治療的一步。”
誤解3：食物和營養品的標籤上提供了精確的微生物數目
實際情況並不總是如此。食物標籤通常並不會告訴消費者食物裡到底有多少細菌，它們可能只會簡單標註食物內含有“活性菌”。成分錶也許會提供關於食物中益生菌的更多信息，比如它們的屬名和種名。
絕對存在一些並不會提供真實或確切的微生物成分的益生菌產品。一般來說，規範生產商生產的高質量營養品會提供相對可靠的微生物數目，也會表明益生菌的屬名、種名和株系名稱。但是一部分營養品可能只會提供“生產時產品中的活菌數目”——這並不能保證你在購買或服用該產品時活菌數目仍能保持不變。
而有些不含活性菌的產品也會在標籤上生成含有益生菌，或者標註的益生菌含量比實際要高。2013年，獨立調查機構ConsumerLab所做的調查發現19種益生菌營養品中，有5種實際含有的微生物比聲稱的要少。有些產品的益生菌含量僅有成分錶上的56%，最少的只有表上聲稱的16%。
誤解4：大多數酸奶都是益生菌的優質來源
僅僅因為它是乳酪，並不意味著就有益生菌在裡面。希巴德說。有些成分錶上寫著“活性菌”的一些酸奶的確提供會數以十億計的益生菌，但並不是所有的酸奶都會有。
所有含活性菌的乳酪都含有保加利亞乳桿菌（Lactobacillus bulgaricus）和嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus），但是一些生產商會在進行巴氏滅菌之後加入其它益生菌，比如嗜酸乳桿菌（L. acidophilus）、鼠李糖乳桿菌（L. rhamnosus）以及乾乳酪酸桿菌（L. casei）。
誤解5：攝入益生菌有利於預防感冒
希巴德說，人們經常會尋求那些可以幫助他們免疫系統運作的產品，以減小患病機率。儘管有一些初步數據提示益生菌可能有助於抵擋感冒，但她表示，目前還並沒有強有力的實驗結果支持這一觀點。我們還沒有證據，研究者仍然在嘗試尋找益生菌有益於免疫系統的具體機制，並從更廣泛的角度弄清益生菌對什麼狀況最為有效。
