大部分的人可能都曾使用過抗生素以治療感冒或預防手術後感染，因為沒人想冒可能嚴重細菌感染的風險；抗生素把滅菌的工作做得非常好，但是它無法分辨好菌和壞菌，所以體內對免疫系統和消化功能非常重要的好菌也就同樣不分青紅皂白地被消滅掉，此時當然需要快速的補充。
補充的方式除了多吃優格、克菲爾菌製品、泡菜等食物外，也可以購買含有豐富活菌的益生菌補充品。在家以生乳自製的發酵品能夠獲得最多的益菌，如果只能購買就要慎選可靠的製造商與品牌，尤其要注意產品所含的活菌多寡；若標示上未完整註明活菌數成分，就不要購買。
一旦好菌遭受破壞，導致免疫力降低，人體就有再度受到感染的風險，為了重整腸道健康與恢復菌群平衡，在接受抗生素治療後補充益生菌是必要的。若是正在服用抗生素的人，應相隔幾小時後再攝取益生菌，以免好菌又被破壞。
雖然有時候使用抗生素是必要的，但我們還是必須正視抗生素濫用的問題。大多數細菌感染其實能夠自癒，與其急切的跑去跟醫生拿藥，不妨試試一些有效的天然抗生素，像是牛至、麥盧卡蜂蜜、大蒜等 (參考閱讀：認識五種天然抗生素) 。它們完全針對壞菌，因此不需擔心副作用。
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