曾有分析報告顯示，包括ConsumerLab.com進行的檢驗中，發現各廠牌魚油補充劑皆無顯著含量的汞，或是超過安全劑量的PCB、戴奧辛，或其他污染物，無論便宜或昂貴的產品都是如此。這樣的結果並不令人訝異，因為汞比較容易累積在大型魚類體內，但補充劑通常由較小的魚類（如鯷魚或沙丁魚）或紅藻（只能提供DHA）製成。此外，由於汞溶於水，因此通常會累積在魚肉中，不會累積在脂肪或油脂裡，而且大部分補充劑都會經過降低PCB與其他污染物的處理。
與之前的觀念相反，研究並未發現這些問題。理論上，魚油補充劑可能會與抗血液凝結的藥物（抗凝血劑，如warfarin）產生交互作用，但最近的研究並未發現顯著風險，即使高劑量下也一樣，不過服用抗凝血劑藥物的患者應該照常接受醫師監控。您也不用擔心是否會和一樣有抗凝血作用的阿斯匹靈產生交互作用，事實上，AHA建議心臟病患可同時服用低劑量阿斯匹靈與ω-3。
美國塔夫茨大學的研究人員在2006年發表的文獻回顧中，發現多數研究中使用的劑量下，對血糖控制的影響極少，甚至沒有影響。隔年有一項挪威的研究，發現高劑量（每天6公克ω-3）會提高第二型糖尿病患的血糖，但挪威的研究人員認為，每天服用1公克ω-3對血糖的影響可以忽略。AHA建議的每日3公克ω-3補充品，對糖尿病患的血糖控制可能有不良影響。
塔夫茨大學分析的結論認為魚油不會影響總膽固醇，會同時輕微提高LDL（壞膽固醇）與HDL（好膽固醇），但對冠狀動脈疾病的風險沒有影響。魚油可藉由其他方式降低風險。
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